Kit Deteksi Cepat Penyakit HLB pada Tanaman Jeruk Menggunakan Teknik LAMP (Loop-mediated isothermal Amplification)

Huanglongbing (HLB), yang sebelumnya popular dengan sebutan Citrus Vein Phloem Degeneration (CVPD) di Indonesia, merupakan penyakit penyebab degenerasi pertumbuhan tanaman, menurunnya produktifitas, kualitas, bahkan kematian tanaman jeruk di Indonesia dan negara penghasil jeruk dunia. HLB disebabkan oleh bakteri gram negatif yang termasuk dalam kelompok alpha sub divisi proteobacteria. Diantara tiga strain yang saat ini telah diidentifikasi (Candidatus Liberibacter asiaticus = CLas, Candidatus Liberibacter americanus =CLam dan CandidatusLiberibacter africanus CLaf), CLas dinyatakan sebagai strain yang penyebaran geografisnya paling luas dan mengakibatkan kerugian ekonomis paling serius.

Di Sambas-Kalimantan Barat, satu-satunya propinsi yang pernah dinyatakan bebas HLB dan merupakan satu-satunya propinsi terbesar penghasil jeruk Siam di Indonesia, saat ini hampir sebagian besar pertanaman jeruk terancam punah, karena dari 13.000 hektar lahan pertanam jeruk sekitar 2.000 hektar diantaranya kini telah merana dan mati hanya dalam waktu 6 bulan dan diperkirakan mengalami kerugian mencapai 120 milyar per tahun.

Identifikasi penyakit di lapang umumnya dilakukan secara kualitatif berdasarkan gejala visual yang seringkali ‘misreading’, meragukan dan cenderung ’false negatif’. Akibatnya, pengambilan keputusan pengendalian selalu terlambat, yang berdampak lebih parah pada berkurangnya umur hidup (life span) pertanaman jeruk yang masa produktifnya dalam kondisi normal mampu mencapai > 15 tahun menjadi ? 5 tahun. Pertimbangan segi urgensi dan keseriusan masalah yang diakibatkan oleh penyakit HLB menunjuk pada perlunya mengembangkan teknik deteksi cepat, akurat dan biaya murah, dengan sasaran dapat diadopsikan kepada pengguna khususnya masyarakat petani dan petugas di daerah terutama untuk kondisi lokasi yang kondisi sumberdaya manusia dan laboratoriumnya terbatas.

Teknik deteksi CLas yang saat ini dikembangkan didasarkan pada amplikasi DNA CLas melalui polymerase chain reaction (cPCR). Meskipun sangat sensitif, spesifik dan akurat, proses deteksi ini memerlukan waktu lama dan tidak dapat dilakukan di lapang, memerlukan peralatan canggih dan mahal, serta memerlukan operator yang berketrampilan tinggi. Sehingga perlu ada teknik deteksi cepat yang mampu mengimbangi kemampuan cPCR dan bisa dilakukan dilapang oleh petani maupun petugas lapang.

Hasil penelitan ini memanfaatkan teknik deteksi HLB berbasis asam nukleat yang tidak memerlukan thermal cycler, yaitu Loop-mediated isothermal amplification (LAMP).  Hasil assay sangat spesifik untuk mengamplifikasi bakteri target dan tidak terjadi reaksi silang dengan DNA dari bakteri fitopatogenik atau cendawan patogenik lainnya.  Hasil pengujian DNA tanaman terinfeksi HLB dengan berbagai level pengenceran mendemonstrasikan bahwa sensitifitas assay mencapai level 10 picogram, dan sensitivitas ini terbukti sama dengan nilai yang diperoleh melalui real time PCR. Teknik ini mampu mendeteksi CLas dari berbagai kondisi sampel khususnya tanaman terinfeksi yang bergejala maupun tidak dan serangga penular viruliferous. Teknik deteksi menggunakan LAMP ini terbukti sensifitasnya, kecepatannya, simplicitynya dan dapat dilakukan dilapang oleh orang yang bukan professional seperti petani maupun petugas lapang.

[cml_media_alt id='1150']Hasil Deteksi Cepat serangan CVPD HLB[/cml_media_alt]

Gambar. Hasil Deteksi Cepat HLB pada Beberapa Varietas jeruk Menggunakan Teknik LAMP

Keterangan:

NC       : Negatif control (sampel sehat)
A7        : Tanaman dalam screen (negative)
NS        : Nipis screen (positif HLB)
N           : Nipis (positif HLB)
PM        : Pamelo (positif HLB)
M3.1     : Manis (positif HLB)
S            : Siam (negative)
B1          : Batu 55 (positif HLB)
CVEV    : Tanaman terserang CVEV (negative)

 

Oleh : Nurhadi
Balai Penelitian Tanaman Jeruk dan Buah Subtropika
Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian

Related Post

Tinggalkan Balasan